細菌選礦又叫細菌浸出，它是利用某些微生物的催化作用，使礦石中的金屬溶解出來。例如有一種叫硫氧化細菌，具有使元素硫氧化的能力，在溶液中能生成硫酸。又一種叫鐵氧化細菌，它具有把FeSO₄加速氧化為Fe₂(SO₄)₃的能力，使溶液中的Fe₂(SO₄)₃含量大大增加。而H₂SO₄及Fe₂(SO₄)₃溶液都是硫化礦及其他礦物的有效溶劑。

例如：在多金屬硫化礦中一般都含有黃鐵礦，在有水和氧存在的條件下，黃鐵礦緩慢氧化，并生成FeSO₄與H₂SO₄，其反應式為：

化學作用：2FeS₂+7O₂+2H₂O ————→2FeSO₄+2H₂SO₄

鐵氧細菌在有氧與硫酸存在的條件下，則用極快的速度把FeSO4氧化成Fe2(SO4)3，其反應式為：

 細菌作用：2FeSO₄+H₂S0₄+1/2O₂————→Fe₂(SO₄)₃+H₂O

Fe₂(SO₄)₃能把礦物中的金屬溶解出來，例如對輝銅礦作用時，能生成CuSO₄、FeSO₄及S，其反應式為：

Cu₂S+3Fe₂(SO₄)₃—→2CuSO₄+4FeSO₄+S

上式反應生成的FeSO₄，可由鐵氧化細菌進行再氧化，生成Fe₂(SO₄)₃從而該反應在溶液中反復循環，浸出作用不斷進行。如果溶液中有硫氧化細菌存在時，則會使反應生成的S被硫氧化細菌氧化生成H₂SO₄，這對礦石的浸出作用更為有效，其反應式為：

細菌作用：2S+3O₂+2H₂O ————→2H₂SO₄

細菌浸出的優點：(1)設備簡單，操作方便，(2)適應于處理貧礦、廢礦、尾礦及爐渣等，(3)可以綜合浸出，綜合回收多種金屬，(4)目前對銅、鈾的細菌浸出工藝比較成熟，并且銅的浸出液可以經萃取-電積法或鐵置換-浮選法回收其中的銅。

細菌浸出的主要缺點是細菌的培養比較麻煩，浸出周期比較長。

國內有不少應用細菌選礦的實例，如廣東某銅礦，安徽某銅礦老采區細菌浸出，湖南某銅礦等。現簡介湖南某銅礦應用細菌浸出處理含銅尾礦的情況。

湖南某銅礦地表堆存著大量浮選尾礦與重選尾礦，浮選尾礦含銅0.11%~0.20%;重選尾礦含銅1.25%~1.50%，并且兩種尾礦都含有稀有金屬。

尾礦用細菌浸出的工藝流程如圖7-7所示。由于尾礦粒度細，所以采用浸出池進行浸出。先加入酸，酸化水與礦石中的堿性脈石，待pH值達到2.0左右時，加入含菌高鐵(Fe3+)的浸出液進行循環浸出，直至浸液的銅、稀有金屬濃度很低為止。然后追加銅、稀有金屬很低的細菌浸液，當浸出液濃度更低時，再水洗2~3天則可排料。

尾礦浸出時間為20天，浸出結果如表7-2所列。浸出液中的稀有金屬經過吸附之后，尾液含銅約1.5~2.0克/升，采用鐵置換法使銅沉淀為海綿銅，其化學反應式為：
                                        Fe+CuSO₄—→FeSO₄+Cu↓

（1）置換液含銅愈高愈好，含鐵應盡可能少，pH=1.8%~2.0;

表7-2， 尾礦細菌浸出的結果

（2）當溶液pH值在1.5左右，銅濃度在2~4克/升時，耗鐵比為銅的2.0~2.5倍；當pH值在2左右時，銅濃度較高時，耗鐵比為銅的1.5倍；
（3）鐵置換時間，這與溫度、廢鐵質量和數量、溶液酸度及置換方式等因素有關。一般在溫度大于20`C，通氣情況下，六小時可以置換完畢；
（4）置換后立即排放尾液，調節尾液中的Fe²⁺濃度和酸度，并返回細菌培養液使用。
    主要技術經濟指標：
（1）銅的總回收率70%~75%；稀有金屬的總回收率75~80%；
（2）海綿銅品位60%~650%；
（3）每噸礦耗硫酸40%~45公斤；每噸銅耗鐵為2.5噸；
（4）折算純金屬銅每噸成本2000元。