對于生物氧化過程中的細菌，使用時需要知道菌液中所含的細菌數量。測定和計量細菌的數量一般有以下幾種方法:

(1)比濁法。其原理是因為菌體不透光，利用菌液所含細菌濃度不同，液體的渾濁度則不同，然后利用分光光度計測定菌液的光密度。用測得的光密度和標準曲線對比，即可得知菌液的密度。

(2)直街十數法。該方法是利用血球計數器(Hemocyton ter)，直接在顯微鏡下觀察計數所取菌液樣品中的細菌數量。

(3)平皿計數法。該方法是將所要測定的菌液取出后，稀釋成一定的倍數，用固體培養基制成平板，然后在一定的溫度下進行培養，使其長成菌落(Colony formation unit, CFU)，計算出菌落數，再乘以稀釋倍數，則得到所測菌液的活菌濃度。

(4)液體稀釋法。該方法是將菌液按連續的10倍系列在培養基中稀釋成不同的濃度，然后進行培養。經培養后，記錄每個稀釋度出現生長的試管數，然后查最大可能數表(Mostprobable numbcr, MPN，見有關微生物實驗教材)，根據樣品的稀釋倍數就可計算出其中活菌的含量。

(5)細胞干重測定法。該方法是將菌液離心或過濾后，洗滌除水后穩重