工業上采用生物氧化(浸出)工藝處理目的礦物的方法主要有以下幾種:攪拌氧化、堆乒、槽浸、廢石堆浸、就地溶浸·
攪拌氧化〔浸出)
采用針對生物氧化過程制作的帶攪拌和充氣裝置的槽子作為反應器，對目的礦物進行氧化。該種方式投資高，成本高，要求控制水平高，操作難度大，但是同另外幾種氧化方式相比較，該種方式效率最高，綜合效益好。因此，該種方式適用于經濟價值高的金屬的回收。到目前為止，該種方式在工業上的應用僅限于難處理金精礦的生物氧化預處理和鉆精礦生物浸出提取鉆。對銅精礦的生物攪拌浸出，目前已進人工業試驗階段。
原礦堆浸(氧化)
對破碎后的原礦堆浸或制粒堆浸，對目的礦物進行氧化。該種方式投資少，成本低，適用于對品位較低的原礦中的有用金屬的回收，但其對有用金屬的回收率較低。堆浸方式是目前應用規模最大的浸出方式，特別在原礦品位較低的硫化銅礦石的回收上大都采用了堆浸方式。此外，目前世界上唯一的一家對原礦采用生物氧化預處理提金的礦山—Newmont礦山公司也是采用了堆浸方式，而目前GeoBiotics生物氧化工藝也是采用將精礦包裹到均勻粒狀載體表面堆浸的方式處理含砷金精礦。
槽浸
槽浸是將被浸的物料在處理過程中部分或全部浸沒子溶液中，從而使有用金屬浸出的方式。該種方式主要用于處理以前的選礦的尾礦，這些尾礦中所含的有用金屬在當時或是由于技術原因，或是由于經濟上的原因而沒有被回收，現在卻可以經濟地回收。由于生物氧化對環境的要求，生物氧化槽浸只能處理這些尾礦中的粗砂部分，以便于氧化條件的控制。
廢石堆浸
廢石堆浸是指有用金屬含量非常低的采礦廢石堆浸，即使不人工利用，自然條件也會使其產生生物氧化，產生酸性廢水并危害環境。廢石堆浸方式基本與原礦堆浸相同，但原礦堆浸需倒堆，而廢石堆浸不必倒堆。如我國的德興銅礦即利用生物浸出技術，采用堆浸來處理露天剝離出的含銅廢石(含銅0.O9%)
就地溶浸
采用生物浸出方式就地處理破碎過的礦石而不必把開采的礦石運到地表進行處理，但此種方法只適用于礦體下面有天然的不透水層、無嚴重破碎及斷層的場合，以避免溶液中的有用金屬泄漏損失或溶液中的有毒物質污染地下水。該方式有利于即將開采完的老礦山。如我國的中條山金屬公司即采用了就地溶浸方式回收銅。
